在检测过程中，水样的复杂性导致了检测结果的偏差，含有悬浮物、余氯、钙、镁等金属离子、硫化物 和有机物的水样都会产生干扰。当含有这些物质时，应进行适当的处理，以消除对便携式氨氮测定仪测定的干扰。以下便是针对干扰物的解决方案。
1、除余氯：若样品中含有余氯，加入适量的硫代硫酸钠溶液(0.35%)，每0.5ml可除去0.25mg余氯，可用淀粉-碘化钾检验是否除尽。
2、络合掩蔽：酒石酸钾纳可以消除钙镁离子的干扰。
3、絮凝沉淀：若水样浑浊，取100ml水样加入10%硫酸锌溶液(10%)和0.1-0.2ml氢氧化钠溶液(25%)，调节pH值至10.5左右，混匀，放置使其沉淀，用经无氨水充分洗涤过的中速滤纸过滤，弃去初滤液20.0ml。
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